《游戏王EX3》的游戏画面使用了3D背景加2D人物,系列作品首次使用了3D画面,所以在卡片战斗中给玩家带来了很强的冲击感,人物在普通地图为2头身的Q版人物,游戏的卡片都加入了简单的3D效果,而且在清晰度上比GBA版的游戏王又提升了一个层次,在对战的时候不在是普通的2D场景了,而是使用了动态背景。